大学院国際日本学研究院では、以下2機関との積極的な学術交流を行っています。
　

国立国語研究所

・研究教育の連携・協力に関する協定を締結。（2015年11月）
　

　
本協定は、両機関が連携・協力して行う研究・教育活動を推進することにより、相互の研究・教育水準の一層の高度化と社会の発展に資することを目的としています。

国際日本文化研究センター

・学術交流・協力に関する基本協定を締結。（2016年7月）
　

　
本協定は、両機関が行う研究・教育活動全般における学術交流・協力を推進し、相互の研究・教育の一層の進展と地域社会及び国内外の発展に資することを目的としています。